Спустя год после масштабного противостояния Годзиллы и Механической Годзиллы жители Токио наконец-то начинают восстанавливать нормальную жизнь после разрушений, оставленных битвой гигантских монстров. Но спокойствие оказывается коротким: внезапно появляется требование от легендарной богини мотыльков Мотры, которая всегда была главным врагом Годзиллы.
