После событий первой части Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло привыкли к своей двойной жизни: они защищают Нью-Йорк от преступности, скрываясь от обычных людей, и одновременно пытаются разобраться, как они стали мутировавшими черепашками, и что ждет их в будущем. Их спокойная рутина рушится, когда выясняется, что Шреддер, которого они отправили за решетку, не собирается сдаваться.
